John Alexander Macdonald telah dilahirkan di Glasgow, Scotland, pada tanggal 11 Januari 1815. Bapanya bernama Hugh Macdonald, seorang pedagang, Hugh telah berkahwin dengan Helen Shaw pada 21 Oktober 1811.[1] John Alexander Macdonald merupakan anak ketiga daripada lima orang. Selepas bisnes Hugh Mcdonald menjadi merosot, keluarganya berpindah ke Kingston, yang terletak di Upper Canada (sekarang mungkin selatan daripada Ontario), pada 1820, inilah bermulanya Macdonald menjalankan hidup yang sebenar di Kanada.[2]

Macdonald telah hidup dari keluarga lain, kerana bapanya Hugh Macdonald telah melarikan diri. Selepas hidup dengan keluarga lain, kanak-kanak John dan James telah meninggal dunia akibat kepala nya terhantuk kerana kawannya. Selepas perniagaan Hugh merosot, keluarganya sekali lagi berpinfsh ke Hay Bay, yang terletak di Barat Kingston, yang dimana Hugh membuat perniagaan baru. Bapanya, pada tahun 1829, telah diangkat untuk ke Kawasan Midland.[3] Ibu John Macdonald telah uzur dengan melayan anakknya, menolong dan membantu beban anakknya sehinggalah dia meninggal pada tahun 1862.[4]

John telah memasuki sekolah pada usia 8 tahun. Semasa usianya 10 tahun, bapanya telah memberinya duit dan menghantarkannya ke Sekolah Tatabahasa Kawasan Midland di Kingston.[4] Macdonald telah menamatkan persekolahan pada usianya 15 tahun, apabila meninggalkan sekolah, beliau telah dipaksa oleh keluarganya untuk memasuki universiti.[5] Meskipun, selepas Macdonald meninggalkan sekolah, beliau telah berjumpa dengan Joseph Pope iaitu gurunya ketika di universiti, kemudian meneruskaan pencapaiannya.[6]